Simulation SIR avec confinement, recalée sur données réelles, de la dynamique du Covid19 en Fance: Analyse data brutes. (1/2)

L'article précédemment rédigé sur la simulation recalée de la pandémie montrait la faisabilité mais une inadéquation liée au manque de représentativité des données suite aux tests de dépistage quantitativement insuffisants. Aujourd'hui les tests étant plus nombreux donc peut-être plus représentatifs, il semble intéressant de rependre les calculs du recalage de la modélisation SIR par optimisation avec contraintes. Tout d'abord observons les données brutes fournies par le Politologue.

Notons que le premier jour correspond au 25 août 2020 et que le 66eme jour est celui du confinement (vendredi 30 octobre).

Il y a une saisonnalité: le pic, attribué au dimanche, montre une baisse significative des infections qui provient certainement de la baisse des analyses liées au week-end. Ces points, indiqués par une croix rouge, ont été recalés par interpolation , indiqué par un rond vert.
Les ronds rouges sont des anomalies recalées localement. La première anomalie est du à une erreur signalée de comptage (jour 72). Et le 84eme jour apparaît également comme un anomalie mais non expliquée.

C'est sur cette base corrigée que seront effectués les calculs qui seront présentés dans un prochain article et où la simulation des infections sera réalisée en prenant en compte l'effet du confinement de la population sur la dynamique de l'épidémie.

La deuxième figure montre qu'au dernier dimanche de septembre (34eme jour)il y a une diminution des individus infectés. Cela est clairement visible lorsque l'on superpose les données réelles avec les données simulées (la courbe bleue). La nature de cette simulation sera exposée plus en détails, notamment la modélisation de l'effet du confinement, dans un prochain article.

La troisième courbe en bas, corrige les données réelles de +4000 individus par jours à partir de la date indiquée (34eme jour) pour palier à cette diminution qui ne semble pas être due a une modification de la dynamique comportementale de l'épidémie. Il y a une bonne adéquation entre les données brutes et les données simulées recalculées avec cette correction. Une modification de +5000 individus/jours aurait put être appliquée.
Si comparaison n'est pas raison, cela pose question sur la qualité des données publiées par le Politologue, et il serait intéressant de rechercher et déterminer la cause de cette anomalie qui pourrait avoir des conséquences sur la qualité des prévisions fournies par toutes simulations basées sur ces données.