Le Secrétariat Général pour les Affaires Régionales assiste le préfet dans l'exécution des politiques publiques de l'Etat en région. Il coordonne à cet effet les services déconcentrés de l'Etat.
Le SGAR est structuré en 2 pôles : un pôle « Politiques publiques » et un pôle « Modernisation et Moyens des services déconcentrés ».