Bon-Encontre est située dans le sud-ouest de la France, au sud-est du département du Lot-et-Garonne sur la rive droite de la Garonne et au bord du canal latéral à la Garonne. La ville se trouve entre Toulouse (107 km) et Bordeaux (132 km). Elle fait partie de l’agglomération d’Agen, ville à laquelle elle est attenante.
Au 1er janvier 2018, la ville de Bon-Encontre comptait 6421 habitants.