Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 SI-DEP

Ce jeu de données provient d'un service public certifié

Informations

Licence
Licence Ouverte / Open Licence version 2.0
Fréquence
Quotidienne
Date de création
29 mai 2020
Date de mise à jour
26 septembre 2021
Dernière mise à jour de ressource
21 octobre 2020
Granularité de la couverture territoriale
Autre
Couverture territoriale
France

Extras

ID
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Date de création
29 mai 2020
Date de mise à jour
26 septembre 2021

Information du 20 mai 2021

A compter de ce jour, les indicateurs seront corrigés afin de supprimer l’effet doublon, lors de la réalisation de plusieurs tests de dépistage par une même personne.

Depuis le début de la pandémie, la plateforme sécurisée Si-DEP enregistre tous les résultats des tests de dépistage. Afin de garantir la protection des données personnelles des personnes testées, chaque résultat était lié à l’émission d’un pseudo anonymisé. Cependant, avec l’apparition des variants sur le territoire, certaines personnes sont amenées à réaliser deux tests, jusqu’à présent comptabilisés deux fois.

L'algorithme utilisé a donc récemment été mis à jour afin qu’il ne décompte qu’un seul patient lorsque celui-ci se fait tester plusieurs fois dans un intervalle de temps court, toujours en respectant l'anonymat. Grâce à cette nouvelle pseudonymisation, Santé publique France est capable de renforcer son efficacité et de produire des données encore plus précises, consultables chaque semaine dans son point épidémiologique.

Les actions de Santé publique France

Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national.

Le Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP)

Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des testsréalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

La création de ce système d'information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l'état d'urgence sanitaire par application du décret n° 2020-551 du 12 mai 2020 relatif aux systèmes d’information mentionnés à l’article 11 de la loi n° 2020-546 du 11 mai 2020 prorogeant l’état d’urgence sanitaire et complétant ses dispositions.

Description des données

Le présent jeu de données renseigne à l'échelle départementale et régionale :

  • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par classe d'âge (quotidien et hebdomadaire) ;
  • le nombre de personnes positives sur 7 jours glissants.

Le présent jeu de données renseigne à l'échelle nationale :

  • le nombre de personnes testées et le nombre de personnes déclarées positives par sexe et classe d'âge (quotidien et hebdomadaire).

Le taux de positivité correspond au nombre de tests positifs rapportés au nombre de tests réalisés. Il est calculé de la manière suivante : 100*nombre de test positif/ nombre de tests réalisés

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu'au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Pour en savoir plus consultez la note méthodologique disponible dans les ressources.

Changements notables

Depuis le 8 décembre, après avoir vérifié la qualité des données remontées, tous les résultats de tests RT-PCR ou Antigéniques, entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage) utiles au suivi de l’épidémie de COVID-19. Par ailleurs, l’épidémie se prolonge dans le temps et les capacités de dépistage ont augmenté, ce qui conduit à une fréquence croissante de personnes testées plusieurs fois. Ainsi, un ajustement des méthodes de dédoublonnage pour les patients bénéficiant de tests répétés et donc de la définition des personnes testées étaient nécessaires. Santé publique France, dans son approche épidémiologique centrée sur les patients, a donc adapté ses méthodes pour que ces indicateurs reflètent notamment au mieux la proportion de personnes infectées parmi la population testée. Ces évolutions n’ont pas d’impact sur les tendances et l’interprétation de la dynamique de l’épidémie, qui restent identiques. Des données plus précises relatives aux tests (incidence et positivité) sont également publiées par Santé publique France (données SI-DEP).

Ressources 15

Voir aussi : ressources communautaires

Fichier principal 12

31951 téléchargements

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Disponible

Taux de positivité - quotidien - département .

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Créée le
29 mai 2020
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29 mai 2020
4623 téléchargements

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Taux de positivité - quotidien - région.

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Créée le
29 mai 2020
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29 mai 2020
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Taux de positivité - quotidien - france.

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Créée le
29 mai 2020
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26 septembre 2021
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29 mai 2020
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Taux de positivité - hebdomadaire - departement.

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29 mai 2020
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29 mai 2020
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Taux de positivité - hebdomadaire - région .

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29 mai 2020
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Taux de positivité - hebdomadaire - France.

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Taux de positivité - Quotidien.

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Taux de positivité - hebdomadaire.

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29 mai 2020
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Publiée le
29 mai 2020
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29 mai 2020

Documentation 3

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Description des métadonnées.

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Documentation
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29 mai 2020
Modifiée le
29 mai 2020
Publiée le
29 mai 2020

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Ressources communautaires 4

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6 téléchargements

Inférence et Machine Learning des événements et mesures impactant les évolutions du COVID19 (Graph Convolution Network)

Jean-Paul Mochet

Disponible
graphql
Type
Type MIME
None
Créée le
21 avril 2021
Modifiée le
21 avril 2021
Publiée le
21 avril 2021
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Vigilance COVID France - Dashboard 08-02-2021

Vigilance COVID

Disponible
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Dashboard journalier - Suivi de l'évolution épidémique et hospitalière par classe d'âge

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Créée le
8 février 2021
Modifiée le
8 février 2021
Publiée le
8 février 2021
53 téléchargements

France Covid19 Outil de Suivi des Tests/Dépistage Virologiques (2020)

Disponible

Tableau de bord sur la positivité des tests virologiques par âge et régions pour l'année 2020. Chargez les données de Data.gouv.fr et visualisez nos tableaux et graphiques mis à jour.

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Créée le
4 septembre 2020
Modifiée le
7 septembre 2020
Publiée le
4 septembre 2020
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enrichissement-donnees-covid-19-sante-publique-france-17-aout-2020.zip

François Canellis

Disponible
zip (5.2Mo)

Nouvelle version !!! (09/07) : Ajout d'analyses relatives au déconfinement depuis le 1er Juin

Données actualisées le 17/08/2020 pour les quatre jeux de données (sauf pour données relatives aux tests de dépistage)

site de téléchargement et d'information : https://www.fcafcadata.net/

La réutilisation concerne quatre jeux de données publiés par Santé Publique France:

Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19
Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (production interrompue par SPF depuis le 29/05)
Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP) (production récente)

Les quatre jeux de données étant à la granularité du département. Le référentiel d'enrichissement est donc identique pour chacun d’entre eux.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :
Préfecture du dpt, indication de la préfecture de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, décès, population INSEE, par tranches d'âge, etc..

J'ai créé un dépôt git : https://github.com/fcafca/Enrichissement-des-donnees-COVID-19-Sante-Publique-France

J’ai démarré la réalisation d’une série de tableaux de bord, avec l’outil libre et open source Apache Superset qui représente une alternative crédible au « poids lourd » du secteur : Tableau.
https://github.com/apache/incubator-superset
Malheureusement, pour l’instant, je ne dispose pas d’une instance dimensionnée pour proposer un accès public à Superset.
Dans l’attente, je publie ces copies d’écran. Trois thèmes sont abordés, dont l'évaluation du déconfinement :

Thème 1 : Evaluation du déconfinement depuis le 1er juin (nouvelle version)

Pour résumer la situation en ce début du mois de Juillet, mis à part en Guyane et à Mayotte, l’épidémie est annoncée comme globalement maîtrisée.
En revanche, le virus est toujours là. La situation est mesurée par Santé Publique France au travers d’un point hebdomadaire publié en fin de semaine.
Le point central d’attention tourne autour des fameux « clusters », et notre capacité à les traiter au fur et à mesure de leurs apparitions.
Le PDF de l’analyse nationale est pour le moins consistant. 31 pages de graphiques accompagnés de commentaires, pour certains assez « obscurs ».

https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-17-juillet-2020

Certaines données ne sont pas publiques, notamment celles qui concernent le détail et la localisation des clusters.
Pour celles qui sont accessibles et issues des trois sources disponibles citées en début de page, j’ai pour objectif de reprendre certains de leurs graphiques, en plus « détaillé ».

Le dashboard réalisé est un premier jet, une sorte de brouillon que je compte bien améliorer dans les jours à venir.

Type
Type MIME
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Créée le
6 juin 2020
Modifiée le
18 août 2020
Publiée le
6 juin 2020
Generated with Avocode.<Path><Rectangle><Rectangle>Ajouter une ressource communautaire

Réutilisations 43

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Discussions 0

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