Données de laboratoires pour le dépistage : Indicateurs sur les variants SI-DEP

Updated on March 8, 2021 — Licence Ouverte / Open Licence version 2.0

Santé publique France

Santé publique France est l’agence nationale de santé publique. Créée en mai 2016 par ordonnance et décret, c’est un établissement public administratif sous tutelle du ministère chargé de la Santé. Sa mission : améliorer et protéger la santé des populations. Cette mission s'articule autour de…

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Arrêt de la mise à jour des données
Depuis le 09/06/2021, les données relatives aux variants ne sont plus mises à jour.
Les données de laboratoires pour le dépistage concernant les mutations sont disponibles sur le jeu de données dédié : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-laboratoires-pour-le-depistage-indicateurs-sur-les-mutations/

Information du 20 mai 2021

A compter de ce jour, les indicateurs seront corrigés afin de supprimer l’effet doublon, lors de la réalisation de plusieurs tests de dépistage par une même personne.

Depuis le début de la pandémie, la plateforme sécurisée Si-DEP enregistre tous les résultats des tests de dépistage. Afin de garantir la protection des données personnelles des personnes testées, chaque résultat était lié à l’émission d’un pseudo anonymisé. Cependant, avec l’apparition des variants sur le territoire, certaines personnes sont amenées à réaliser deux tests, jusqu’à présent comptabilisés deux fois.

L'algorithme utilisé a donc récemment été mis à jour afin qu’il ne décompte qu’un seul patient lorsque celui-ci se fait tester plusieurs fois dans un intervalle de temps court, toujours en respectant l'anonymat. Grâce à cette nouvelle pseudonymisation, Santé publique France est capable de renforcer son efficacité et de produire des données encore plus précises, consultables chaque semaine dans son point épidémiologique.

Contexte

Le SARS-Cov-2 circule aujourd’hui dans la population sous la forme de nombreux variants qui doivent impérativement faire l’objet d’un suivi particulier, tant sur le plan du contact tracing que sur le plan épidémiologique, pour permettre de contenir la progression de l’épidémie de Covid-19.
Dans cet objectif, SI-DEP a évolué à partir du lundi 25 janvier 2021 pour assurer la prise en charge des informations relatives à ces variants.

Analyse de données

Les analyses concernant les variants portent sur les données relatives aux suspicions ou aux résultats de criblage suite à une PCR ou un test antigénique (TA) positif.

Les données sont rapportées à l’ensemble des tests positifs réalisés (RT-PCR + TA), et non à un nombre de personnes. En effet la définition des personnes pour le calcul des indicateurs ne retient qu’un seul test pour une personne dans une période donnée, alors que cette dernière peut s’être fait tester plusieurs fois (test TA, suivi par un PCR par exemple) . Cette méthodologie pourrait amener à ne pas comptabiliser un test qui porte une information sur la présence d’un variant, et donc sous-estimer leur représentation.
L’ensemble des tests positifs de la base SI-DEP font l’objet de la recherche d’information sur le variant, avec l’application d’un nettoyage concernant les doublons stricts, basé sur une clé correspondant :

  • au Pseudonyme de la personne (code anonymat individuel basé sur les traits identifiants de la personne)
  • a la Date et l’heure du prélèvement
  • au type d’analyse

La nomenclature des codes utilisés pour la remontée d’informations sur le lignage des variants est celle de la base internationale Nextstrain. Cette nomenclature sera probablement amenée à évoluer en fonction des souhaits d’harmonisation internationaux.

L’objectif de l’analyse de ces données est de suivre la circulation sur le territoire des variants d’intérêt, qui concernent à ce jour les variants :

  • Royaume-Uni (UK): code Nexstrain= 20I/501Y.V1
  • Afrique du Sud (ZA) : code Nexstrain= 20H/501Y.V2
  • Brésil (BR) : code Nexstrain= 20J/501Y.V3

Données par semaine glissante diffusées par département, région et france.

Les variables :

Semaine = Semaine glissante
cl_age90 = Classe d’âge
Nb_tests_PCR_TA_crible = Nombre de tests PCR criblés parmi les PCR positives
Prc_tests_PCR_TA_crible = % de tests PCR criblés parmi les PCR positives
Nb_susp_501Y_V1 = Nombre de tests avec suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK)
Prc_susp_501Y_V1 = % de tests avec suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK)
Nb_susp_501Y_V2_3 = Nombre de tests avec suspicion de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR)
Prc_susp_501Y_V2_3 = % de tests avec suspicion de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR)
Nb_susp_IND = Nombre de tests avec une détection de variant mais non identifiable
Prc_susp_IND = % de tests avec une détection de variant mais non identifiable
Nb_susp_ABS = Nombre de tests avec une absence de détection de variant
Prc_susp_ABS = % de tests avec une absence de détection de variant

Les classes d’âge :

• 0 tous âges
• 09 0-9 ans
• 19 10-19 ans
• 29 20-29 ans
• 39 30-39 ans
• 49 40-49 ans
• 59 50-59 ans
• 69 60-69 ans
• 79 70- 79 ans
• 89 80-89 ans
• 90 90 ans et plus

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sp-variant-7j-fra-2021-06-09-19h05.csv

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Indicateurs variants - semaine glissante - france

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Created on
March 8, 2021
Modified on
June 9, 2021
Published on
March 8, 2021
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Indicateurs variants - semaine glissante - région

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March 8, 2021
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Indicateurs variants - semaine glissante - département

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