Les ouvrages hydrauliques peuvent avoir un impact fort sur la continuité écologique. Notion introduite en 2000 par la directive cadre sur l’eau, la continuité écologique d’un cours d’eau est définie comme la libre circulation des organismes vivants et leur accès aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri, le bon déroulement du transport naturel des sédiments ainsi que le bon fonctionnement des réservoirs biologiques (connexions, notamment latérales, et conditions hydrologiques favorables). Le SAGE* Estuaire de la Loire identifie les ouvrages les plus impactants comme prioritaires pour la restauration de la continuité écologique.
Les solutions sont à proposer au cas par cas (arasement, effacement, aménagement, gestion des ouvertures) dans le cadre d’une concertation étroite avec les propriétaires et les gestionnaires d’ouvrage, en intégrant les objectifs des taux d'étagement et de fractionnement du SAGE et les objectifs d’accessibilité par l’anguille dans les secteurs de marais. Les maîtres d’ouvrage privilégient l’effacement ou la déconnexion des ouvrages quand ces solutions sont possibles.
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