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République
Française
OLD Taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19 SI-DEP
Description
Les actions de Santé publique France
Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national.
Le Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP)
Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.
La création de ce système d'information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l'état d'urgence sanitaire par application du décret n° 2020-551 du 12 mai 2020 relatif aux systèmes d’information mentionnés à l’article 11 de la loi n° 2020-546 du 11 mai 2020 prorogeant l’état d’urgence sanitaire et complétant ses dispositions.
Description des données
Le présent jeu de données renseigne à l'échelle départementale et régionale :
- le taux d'incidence quotidien et hebdomadaire par classe d'âge ;
- le taux d’incidence standardisé quotidien et hebdomadaire ;
- le taux d'incidence standardisé glissant.
Le présent jeu de données renseigne à l'échelle nationale :
- le taux d'incidence quotidien et hebdomadaire par classe d'âge et sexe ;
- le taux d’incidence standardisé quotidien et hebdomadaire ;
- le taux d'incidence standardisé glissant.
Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante :
(100000 * nombre de cas positif) / Population
Précision :
- A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.
- Pour en savoir plus consultez la note méthodologique disponible dans les ressources.
Limites : - Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu'au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
- Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.
Changements notables
Depuis le 8 décembre, après avoir vérifié la qualité des données remontées, tous les résultats de tests RT-PCR ou Antigéniques, entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage) utiles au suivi de l’épidémie de COVID-19. Par ailleurs, l’épidémie se prolonge dans le temps et les capacités de dépistage ont augmenté, ce qui conduit à une fréquence croissante de personnes testées plusieurs fois. Ainsi, un ajustement des méthodes de dédoublonnage pour les patients bénéficiant de tests répétés et donc de la définition des personnes testées étaient nécessaires. Santé publique France, dans son approche épidémiologique centrée sur les patients, a donc adapté ses méthodes pour que ces indicateurs reflètent notamment au mieux la proportion de personnes infectées parmi la population testée. Ces évolutions n’ont pas d’impact sur les tendances et l’interprétation de la dynamique de l’épidémie, qui restent identiques. Des données plus précises relatives aux tests (incidence et positivité) sont également publiées par Santé publique France (données SI-DEP).
- Producteur
- Dernière mise à jour
- 21 février 2023
Fréquence de mise à jour non renseignée
Couverture temporelle non renseignée
Couverture spatiale non renseignée
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Qualité des métadonnées:
Vous souhaitez suivre l’évolution de l’épidémie de COVID-19 ?
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22 discussions
La flambée des cas COVID a-t-elle eu raison de la transparence et de la continuité des données ?
Je constate également que de nombreuses données (Taux d'incidence par département, le plus suivi) ne sont plus mise à jour (arrêt au 24/12/2021).
Dommage pour la transparence et la continuité des données dans les moments importants.
Il y a peut-être une personne malade et c'est la machine qui s'enraye.
Suggestion : Il serait bienvenue d'avoir un mécanisme d'avertissement pour les consommateurs des données du portail pour alerter sur un tel type d'arrêt et pour alerter de la reprise d'activité normale.
Les plus récentes remontent au 30/12. Je pense comme vous qu'il est urgent de communiquer pour ne pas laisser le champ libre à la désinformation.
La description du dataset à changé, indiquant un problème de cohérence des données sidep et des données territoriales à partir de "ce jour"...
La encore, je pense qu'une communication plus cohérente aurait précisé la date de "ce jour".
Patientons...
Les problèmes de dedoublonnage doivent en effet être complexes pour les périodes de fêtes.
Taux d'incidence par département
Bonjour,
Depuis le 2 janvier, Santé Public France n'actualise plus certaines données comme les Taux d'Incidence (sp-pe-tb-quot-dep-2022-01-02-19h09.csv par exemple) au niveau des départements. Ils sont seulement actualisés pour les régions. Quelqu'un a t-il des infos ?
Merci d'avance pour votre aide.
Bonjour,
Il y a aujourd'hui un fichier Taux d’incidence - quotidien - département mais le fichier disponible https://static.data.gouv.fr/resources/taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19/20220106-111547/sp-pe-tb-quot.csv comporte des données jusqu'au 24/12 pour les départements 1 à 52 et est tronqué à partir du département 53.
Est ce un problème ponctuel de génération du fichier ?
Cordialement
Bonjour,
Le fichier des taux d'incidence par département n'a pas été renouvelé depuis hier 11h06. Il est toujours tronqué dès le début du département 53 au milieu du champ "date" et il a changé de nom ( maintenant: sp-pe-tb-quot.csv) et ne comporte plus la fin du nom affiché dans la liste (sp-pe-tb-quot-dep-2022-01-06-11h06.csv).
Peut-on encore compter sur ces données ou seront-elles "discontinuées"?
Merci d'avance.
tx incidence covid en Savoie
Bonjour, selon vos donnees le taux d incidence covid en Savoie est en desous de 50 depuis le 23 sept 2021 (48,09 le 23 sept 2021) et n'a cesse de diminuer jusqu a aujourd hui, pourtant la Savoie n'est pas dans la liste des 47 departments qui vont au 4 octobre alleger les restrictions,dont le port du masque, pourtant la regle etait claire etre en dessous de 50 durant 5 jours consecutifs ... ce qui est le cas pour la Savoie.
Pourriez vous m'expliquer ou remonter cette info svp ?
cdt,
S Rosaz
Bonjour,
La période de référence pour établir la liste de départements concernés aurait dû être précisée pour que la règle soit complétement claire. Il semblerait, au vu de cette liste, que c'est la période du 22 au 26 septembre qui a été choisie. La Savoie était à 51 le 22 septembre, ce qui expliquerait qu'elle ne figure pas dans la liste.
Si on applique la règle sur les 5 derniers jours à compter du 1er octobre (dernières données publiées), on compte 62 départements satisfaisant à la règle (dont la Savoie), soit 15 de plus.
Cordialement.
Merci bcp c’est clair, à un jour près alors pour la Savoie. Bonne semaine.
Statistiques détaillées sur le taux d'incidence par classe d'âge
Bonjour,
Dans un but de recherches statistique, j'ai téléchargé votre document concernant le taux d'incidence relevé en France, et en région, ce par classe d'âge. Cependant je ne parviens pas à trouver mes informations : le taux d'incidence en France pour la classe d'âge 12-17 ans et 18-29 ans ainsi que le taux d'incidence de la région PACA pour les mêmes classes d'âges. Il est dit que le taux d'incidence en France est de 245,1 cependant, si je lis le document que j'ai téléchargé, je trouve qu'il est de 16946. Je ne comprends donc pas pourquoi les chiffres ne sont pas les mêmes.
En vous remerciant par avance,
Bonne journée.
Taux d'incidence des départements touristiques.
Bonjour,
Je viens de me rendre compte que le taux d'incidence est calculé sur la population officielle, soit 1 073 836 pour le Var, alors que, grosso modo, sa population double en juillet - août. N'y a-t-il pas là un artefact de nature à déformer la perception de la situation ?
Cordialement.
Où sont passer les jeux de données anciennement téléchargeables avec les nbres de cas +, et les nombres de cas testés ?
Bonjour,
Où sont passés les jeux de données téléchargeables sur data.gouv.fr aux formats :
- Sp-pos-quot-fra-2021-02-25-19h20
- Sp-pos-quot-reg-2021-03-03-17h20
- Sp-pos-quot-dep-2021-03-17-17h20
Qui donnaient les nombres de cas positifs et les nombres de cas testés par dpts, par région, pour la France ?
Merci de votre réponse
Bien cordialement
François PESTY
Pharmacien
2, square GAY-LUSSAC
78330 FONTENAY-LE-FLEURY
01 30 45 03 59 / 06 88 89 53 51
Francois.PESTY@Wanadoo.fr
Pas de Mises à jour des données depuis le 15 mars
Les fichiers concernant les tests virologiques et les taux d'incidence ne sont pas mis à jour depuis le 18 mars. Les derniers chiffres publiés sont ceux du lundi 15 mars. Peut-on espérer une mise à jour ce soir ?
Bonjour,
ça a l'air d'être à jour depuis quelques minutes.
Pour info, depuis le début de l'épidémie, lors des annonces gouvernementales, les indicateurs sont figés ici.
Le temps que les annonces soient faites, et les indicateurs reprennent ensuite leur cycle normal de màj.
Je pense que c'est ce qui s'est passé ce week-end, dans ce cas : patience.
Les indicateurs sont aussi figés sur le site portail data de santé publique France d'ailleurs.
https://geodes.santepubliquefrance.fr/ (à cette heure, ils restent figés au 15/03 sur ce site alors qu'on a les infos ici)
Gp
Taux d'incidence, définition
Bonjour,
la définition du taux d'incidence sur la page "Taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19"
'https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19/'
me semble incorrecte ?
Il est écrit : "Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante :(100000 * nombre de cas positif) / Population"
C'est le nombre de cas positifs cumulé sur une semaine.
Une simple règle de trois pour vérifier :
25000 cas journalier / 67 000 000 habitants * 100 000 = 37.3
et 37.3 x 7 = 261 ce qui correspond bien aux valeurs enregistrées en ce moment ( 13/03/201)
Bonjour,
Vous avez tout à fait raison. Le taux d'incidence est calculé sur le cumul des cas positifs sur les 7 jours précédents.
A propos de ce taux d'incidence, nous avons toujours le même biais très important - déjà signalé ici - lié au nombre de tests qui n'est pas constant. Si le nombre de tests augmente, le nombre de cas positifs trouvés augmente !
C'est le cas depuis le 5 mars. Par rapport aux chiffres du 13 mars, le nombre de tests a augmenté de 11 % (2 305 388 vs 2 082 412 le 05 mars) ! Et le nombre de cas a augmenté de 14.2 % (23920 vs 20945 le 05 mars - moyenne lissée sur 7 jours).
Mais si on corrige le nombre de cas du 13 mars en le ramenant sur la base de 2.08 millions, on trouve un nombre de cas de 21606. Soit 2300 cas en moins, et une augmentation de 3.2% au lieu de 14.2 % !
C'est un biais très important, surtout dans une période où on regarde à la loupe l'évolution du taux d'incidence avant de prendre de nouvelles mesures de restrictions de nos libertés...
Je ne comprends toujours pas pourquoi ce biais n'est pas corrigé.
Bonjour,
La notion même de taux d'incidence est très fragile (je préfère la positivité). Il dépend de la population testée, qui est loin d'être une "population représentative" (tendance à la surestimation), il dépend, comme vous dites, du nombre de tests, je n'y reviens pas, enfin, il dépend uniquement de la population résidente et non de la population réelle. J'ai noté que, dans le Var, la population double grosso modo en juillet-août, à nombre de tests égal, le taux d'incidence devrait baisser de moitié. Bref, ce ne semble pas être un bon indicateur.
Cordialement.
Proportion des cas positifs pour la classe d'age égale à 0
Bonjour,
Je confirme ce que @Denis ARNAUD expliquait concernant la classe d'age == 0.
Il s'agit de l'ensemble des classes d'age confondues. Si on fait la somme de la population pour toutes les classes d'age confondues (hors celle egale à 0) et qu'on compare a la population de la classe d'age egale à 0, on obtient le meme resultat.
Encore merci Denis pour la reponse.
Légende erronée + question a propos de la classe d'age
Bonjour a tous,
Le fichier sp-pe-tb-quot-reg-2021-02-01-19h20.csv contient la legende 'Taux d'incidence - quotidien - région'.
Le fichier ne contient non pas le taux d'incidence mais le nombre de cas positifs (selon les infos metadonnées).
Sans lire les fichiers metodonnees ou sidep-note, on peut facile croire que 'P' indique le taux d'incidence.
De plus, lorsqu'on analyse les cas par classe d'age, il semblerait qu'il y ait 17% des observations apparteant a la class d'age 0. Est-ce du a des valeurs manquantes (0 par defaut) ou bien il y a beaucoup de cas positifs chez les enfants en bas age?
Bonjour,
La classe d'age 0 c'est tout le monde. De 0 à 100 ans et plus
Je vous remercie Denis. Cela vaudrait le coup de l'indiquer dans les fichiers explicatifs ainsi que dans l'entete de la page.
Belle soirée
@Denis lorsque je somme le pourcentage de cas positifs par classe d'age (de 0 a 90) j'obtiens 1, la tranche d'age 0 ne peut donc pas representer toute la population, ou alors un qqch m'echappe.
La tranche d'age 0 represente 89%.
Jai fait les calculs avec ce fichier (https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/r/001aca18-df6a-45c8-89e6-f82d689e6c01)
c'est indiqué sur la page "https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/#discussion-5f7d8f8f8ead5775eca7350e-6" , Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19 , qui sont les précurseurs ainsi que sur la dernière arrivée "Données relatives aux personnes vaccinées contre la Covid-19 VAC-SI"
ETALAB ne reprend pas à chaque fois toutes les explications.
j'ai cessé de regarder ce jeu de données parce que depuis le début il est faux. Là vous avez répondu à une vieille discussion alors j'y suis revenu mais je ne viens plus ici : je construis mes indicateurs moi-même avec les données brutes plutôt que de reprendre ces données. Et les miennes sont bien plus proches de ce qui est annoncé par le gouvernement et SPF
Pardon : ETALAB : je ne peux pas dire qu'il est "faux". Je ne sais pas ou ne comprends pas à quoi il sert. En tout cas il ne permet pas de retrouve les données présentées par le gouvernement et SPF
Pouvez vous indiquer votre source de donnée brute? Il me semblait que cetait elle.
non ça se sont déjà des données retravaillées à partir des données brutes.
les données brutes pour moi ce sont le nombre de personnes qui ont consulté, qui ont fait un test, qui sont passé à l'hopital etc.
L'ensemble des jeux de données sont présentés ici :
https://www.data.gouv.fr/fr/pages/donnees-coronavirus
Moi je prends les données hospitalières et données relatives aux tests
à partir de cela vous pouvez refaire les indicateurs vous -même (manque quand même la population mais ça c'est facilement trouvable, sur data gouv ou ailleurs)
Bonjour,
Petite info supplémentaire que j'ai oubliée de mentionner : des données encore plus brutes sont disponibles sur le site GEODES. Mais les extractions doivent se faire au jour le jour (on peut prendre il y a 10 jours mais on devra faire jour après jour) donc c'est vite pénible de revenir au début de l'épidémie ou au début du jeu de données.
Les affichages sont aussi très différents : les lignes sont les départements ou régions selon la 'maille' choisie mais les classes d'age ou sexe, selon choix là aussi, sont en colonnes. Les journées sont aussi en colonnes etc.
Mais c'est la base de données de base
Bonjour Denis,
Merci pour les precisions. Je suis alle y faire un tour mais impossible de comprendre comment les requetes fonctionnent pour recuperer de la donnée. Je me cantonne donc a la base data.gouv taux de positivite
Codes région obsolètes ?
Bonjour,
Les codes région 5, 7 et 8 apparaissent dans le fichier sp-pe-std-quot-reg-2021-01-25-19h20.csv alors que ces codes INSEE ne correspondent à aucune région métropolitaine ni DOM-TOM, d'après mes vérifications, ni aux anciennes régions. Pourriez-vous donc m'indiquer à quoi ils correspondent svp ? Les données correspondant à ces codes région n'étant pas toujours nulles, je ne voudrais pas exclure certains périmètres du territoire français sans le savoir.
Merci d'avance pour votre réponse !
Bonjour,
Question déjà posée tellement de fois : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/#discussion-5f7d8f8f8ead5775eca7350e-6
Chiffres tableaux Covid
Vos tableaux sont totalement incomplets le chiffre des personnes testées ; colonnes T_f et T_h n’apparaissent pas dans les tableaux.
Oui je me suis fait la meme reflexion. Idem pour l'age_mois et l'age_annee
Bonjour (déjà)
à quoi cela servirait-il d'avoir age_mois et age_année? L'age ... c'est l'age non?
Vous voudriez date de naissance mois jour et année. Ce n'est pas la même chose.
Cher Denis, plutot que de faire la police de la politesse, je vous prie de lire attentivement les commentaire.
De plus, jai dit bonjour dans la discussion que j'ai crée. Le passif-aggressif n'est pas un super moyen de communication a mon sens.
Concernant l'age: je me refere a la documentation fournie (fichier side-note) ou l'on parle de age_mois et age_annee et que je ne retrouve pas dans les données (surement parce qu'on parle de donnée aggregée par tranche d'age).
Ma deuxieme question concerne la part importante de cas ayant pour classe_age == 0. Est ce lie a des donnees manquantes ou il y a bel et bien 17% des cas positifs qui ont entre 0 et 9 ans?
Moi je dis bonjour à chaque discussion, chaque jour, et ce depuis 10 mois. ça ne me coute rien de plus.
Je viens de lire des sidep-notes ... ça ne correspond à rien en ce qui concerne les age et les sexes. Je peux vous assurer qu'il n'y a pas de sexe à N/A depuis 10 mois. Il n'y a juste rien. Ce qui fait que toutes les semaines je dois expliquer pourquoi 0 n'est pas égal à la somme des sexes 1 + 2 et pourquoi 0 n'est pas égal à la somme des classes d'age
Merci pour votre implication Denis.
En revanche, si ca ne correspond a rien pourquoi le laisser ? Et pourquoi ne pas faire un side-note qui correspond aux donnees qui sont publiees sur cette page.
Je ne remets pas en cause votre investissement, je souligne (ainsi que Philippe Berger) qu'on nous parle de T, T_f et T_h et qu'aucune variable ne porte ce nom dans aucun des fichiers de cette page.
Encore une fois rien de personnel, aucun accusation n'est portee envers quiconque et certainement pas vous. En tant que professionnel de la data et citoyen, je souhaite simplement comprendre les donnees mise a notre disposition afin de les traiter, les travailler et d'en tirer mes propres conclusions.
Je suis sur d'avoir vu au début T, T_f et T_h. Ils les ont retirés? Si vous le dites, je n'ai aucune raison de ne pas vous croire (il me suffirait d'ouvrir les fichiers pour le constater mais là je vais m'occuper des hospitalisations qui viennent de sortir)
Pour reprendre ce qui vient de sortir et qui est le violon d'ingres en ce moment : les vaccins, on a eu un premier jeu de données ces 15 derniers jours et un nouveau qui est sort la semaine passée. Les données ne correspondent pas.
Un jeu chasse l'autre.
Le jeu de données des 3 labos est toujours là. Pourtant inutile aujourd'hui.
Le jeu de données des transferts de patients n'a été fourni qu'une seule fois.
ETALAB et le gouvernement/SPF/... ont autre chose à gérer. Ils nous mettent des jeux de données à disposition mais n'y regardent pas de trop près. Typiquement sur les vaccins les données fournies parETALAB ne correspondant pas aux extractions que je fais sur GEODES.Je n'ai pas encore eu le temps de regarder dans les détails pourquoi mais je vais m'y pencher bientôt
Interessant, curieux d'avoir les resultats de votre analyse.
oui mais ce sera sur le jeu de données "VAC-SI"
Bonjour, Est-ce que les résultats hebdomadaires correspondant aux résultats positifs des tests de la semaine du lundi au vendredi? Par exemple S7 du lundi/02 au dimanche 21/02 inclus, ou bien le calcul est différent?
D'autre part, est-ce qu'il est possible de trouver quelque part, la part des personnes symptomatiques, et celle des personnes asymptomatiques, pour les cas Covid positifs? Merci d'avance pour vos réponses.
Bonjour,
1 semaine c'est d'un lundi à 1 dimanche inclus.
Donc du 15 au 21 dans votre exemple (le 15 manque, enfin j'espère qu'il fallait comprendre 15)
Vous indiquez du lundi au vendredi.
Attention aussi au fait que les week-ends les données sont généralement moindres. D'où le calcul à la semaine plutôt qu'au jour le jour.
Autre point : la date est la date de test et non pas la date de résultat qui était initialement 3 jours plus tard (en moyenne)
Et non il n'y a pas ici de moyen de faire la distinction symptomatique/asymptomatique
Re bonjour,
Réponse un peu plus complète au sujet des symptomatiques/asymptomatiques : les données sursaud étant des données SOS médecins/urgences hospitalières, on doit pourvoir considérer sans trop se tromper que nous avons là des symptomatiques. Quasi exclusivement. Par contre pour tous les autres, c'est iùpossible avec les donnes fournies ici de savoir. Et comme cela doit représenter aujourd'hui un ratio 10/90% impossible à déterminer
Bonjour,
Merci beaucoup pour votre réponse Denis.
Pouvez-vous également me préciser s'il y a un moyen d'identifier les cas positifs liés aux EVASAN (évacuations sanitaires) dans ces chiffres? A la Réunion, l'ARS a expliqué que les EVSAN étaient complètement sécurisées, sans aucun risques de contamination de la population, et repartent sur leur territoire une fois guéris, donc sans incidence sur la population, excepté pour la saturation des places en réanimation et à l'hopital... Mais elle comptabilise les EVASAN dans les taux d'incidence de la Réunion... De même pour les cas de variants, on nous annonce un chiffre global, sans préciser le nombre de variants liés aux EVASAN... Est-ce que je peux trouver l'information quelque part?
Merci d'avance pour la réponse.
Bonjour,
Je n'ai pas eu de réponse à ma dernière question. J'aimerai avoir des précisions sur la prise en compte des évacuations sanitaires Covid, dans les taux d'incidence de la Réunion. Merci d'avance.
Bonjour,
Désolé mais je suis un particulier et j'avais à faire ailleurs.
2 précisions avant de répondre :
1) je vais parler de données officielles
2) il faut bien comprendre qu'ici nous avons ce que les autorités veulent bien nous mettre à disposition
Non il n'y a pas. Il y a bien eu une tentative fin mars 2020 pour avoir ces données lors de la crise du printemps avec ceci : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-transferts-de-patients-atteints-de-covid-19/#_
mais le jeu de connées n'a été mis en ligne qu'une seule fois et n'a jamais été remis à jour depuis. Je viens de regarder au cas où mais non toujours pas. Pourtant on parle ce matin d'un grand nombre de transferts en cours ou en préparation.
Maintenant pour trouver les données, vous pouvez vous appuyer sur les journaux locaux. On avait fait ça avant d'avoir le jeu de données cité plus haut. Mais si vous cherchez les données officielles, elles ne sont pas disponibles. Par contre vous devriez pouvoir les trouver quand même côté SPF dans leur point hebdo et sur le site de l'ARS de La Réunion. Ce qui reste de l'officiel.
Merci beaucoup pour votre réponse Denis ARNAUD et pour votre implication.
En effet, je cherchais des données officielles. Sur le site ARS de la Réunion, on trouve des chiffres, c'est assez opaque concernant les EVASAN.
Merci encore!
Bonjour, Je relève régulièrement les chiffres du nombre de cas quotidien pour la Réunion. Et j'ai observé qu'au bout d'un moment certains chiffres sont modifiés. La première fois, c'était des modifications minimes. Mais là, hier j'ai à nouveau fait un relevé des chiffres, et les modifications sont très importantes! Et modifie complètement le taux d'incidence sur la semaine concernée. Pourtant, le relevé epidemio publié sur santé publique france est bien basé sur les chiffres que j'avais relevé la première fois. Est-ce que qq'un a une explication? Merci d'avance. Carole
Fichiers CSV publiées sur le site datasets/taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19/
Je souhaiterais avoir la signification exacte de chacune des colonnes. Il est très difficile de s'y retrouver. Je suppose que P_f et P_h représentent le nombre de personnes positives P le total des deux
mais j'ai bien du mal à avoir une certitude sur la colonne du nombre de personnes testées et donc du taux de positivité.
Merci pour un éclairage.
Finalement le problème tient au fait que les colonnes T_f et T_h n'apparaissent pas dans les tableaux.
département 975
Bonjour. Le département 975 est erroné dans le tableau quotidien (taux d'incidence). La colonne pop qui doit contenir la population par tranche d'âge contient un nombre décimal (sûrement le taux d'incidence par tranche d'âge), sauf pour la ligne ensemble de la population qui est à 5997. Impossible de calculer le taux d'incidence alors pour ce département par tranche d'âge.
MAJ des données
Bonjour pourriez vous actualiser les données SVP ? merci
Bonjour,
Soyez patient.
Comme à chaque fois que notre Président prend la parole et/ou notre 1e Ministre et/ou le Ministre de la Santé, il faut remettre le site à jour.
Hier il a fallu créer de nouveaux fichiers pour gérer les métropoles.
Indicateurs de l’activité épidémique: taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19 par métropole (https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-de-lactivite-epidemique-taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19-par-metropole/)
Les données que vous cherchez restent quant à elles disponibles sur le site GEODES (https://geodes.santepubliquefrance.fr/#c=home) si vous en avez besoin rapidement
ESt-ce que quelqu'un connait la façon dont le taux d'incidence hebdomadaire est calculé ? Si on prend, sur une semaine donnée, le fichier quotidien et le fichier hebdo par département, le lien entre les deux n'est pas clair - ce n'est pas la moyenne des chiffres de la semaine. Y aurait-il une pondération du WE ?
Il suffit de lire le fichier side_note qui est disponible a la fin ou bien dans la descriptions des fichiers au debut:
Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante :
(100000 * nombre de cas positif) / Population
Bonjour,
Ce n'est pas aussi simple : le dénominateur n'est pas assurément Population mais "nombre de personnes étant passé à l'hopital". Ce qui change pas mal les choses. Il y a eu de nombreuses discussions là-dessus
@Denis, je n'ai fait que cité la définition donnée par le producteur de donnée.
Je veux bien vous croire sur parole mais ce n'est mentionné nul part, que ce soit dans la presentation des donnees sur cette page ou bien dans les sides notes.
Comment se fier a des données si la methodologie pour l'obtenir n'est pas clairement expliquée?
colonne Tx_std
Veuillez m'excuser, mais je ne trouve dans aucun fichier la colonne Tx_std.
Il faut regarder dans les fichiers sp-pe-std-*
Merci, je viens de les voir. Je vais essayer d'en faire bon usage
Pourquoi utiliser un taux d'incidence si peu pertinent ?
Selon la définition indiquée plus haut :
Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante :
(100000 * nombre de cas positif) / Population
Donc si on double les tests, le taux d'incidence double (la population ne change pas).
Pourquoi choisir un indicateur si sensible au nombre de tests ?
Il eu été plus pertinent d'utiliser la formule : (100000 * nombre de cas positif / nombre de personnes testées)
Je suis d'accord avec vous. Je ne comprends pas quel enseignement on peut tirer de la formule présentée, ça me dépasse totalement
Bonjour, apparement il n'y a pas eu de réponse à ces questions pertinentes sur l'évolution du nombre de tests effectués. Cette information est nécessaire pour corriger les données et créer une métrique utile observable dans le temps.
Question au producteur des données: Est-il possible de rajouter dans les fichiers sp-pe-tb-quot-dep-2020-XX-YY-19h15.csv généré quotidiennement, une nouvelle colonne avec le nombre de tests effectués correspondant au nombre de cas positifs de la colonne P? Merci.
Bonjour,
On dit tous la même chose, le taux d’incidence n’a quasiment aucune signification. Personnellement je préfère de loin le taux de positivité. Je le calcule moi-même à partir des fichiers sp-pos-quot-dep-2020-11-07-19h15.csv et sp-pos-heb-reg-2020-11-07-19h15.csv. Après les avoir téléchargés je crée une colonne P/T*100 (en pourcent c’est plus pratique). C’est une affaire de quelques secondes. Ensuite je crée autant de graphiques qui m’intéressent. J’estime que je suis mieux renseigné (à part le Week-end où le nombre de tests est insuffisant) qu’avec le taux d’incidence. J’ose même extrapoler à la population française avec quelque incertitude cependant. Par exemple, actuellement le taux de positivité global est d’environ 20 %. Comme les tests s’adressent à toute la population française sans ciblage particulier, je me dis que 20% de la population française est positive selon le test PCR. Donc il y a environ 13 000 000 de Français qui sont positifs. On pourrait affiner en tenant compte de la pyramide des âges et de la population de chaque département, mais les calculs que j’ai fait quelques fois ne bouleversent pas le résultat. En conclusion il m’étonnerait qu’il y ait moins de 10 000 000 de Français positifs si on testait l’ensemble des Français le même jour.
Ça me fait vraiment de la peine d’entendre des autorités de la santé ou politiques utiliser encore le taux d’incidence tel qu’il est défini par le nombre de cas positifs divisé par la population et multiplié par 100 000. Pourtant, des milliers de commentaires dans les médias l’ont signalé, mais rien n’y fait.
Bonjour Jean-Pierre, merci pour les pointeurs sur ces fichiers de sp-pos......., ils contiennent effectivement exactement l'information que je cherchais (colonne T), cohérente avec les fichiers st-pe..... Il suffit de les merger.
Le taux d'incidence aujourd'hui est-il vraiment si peu propre à l'interprétation ? actuellement, il n'y a plus de pb de disponibilités de tests PCR ou antigénique, ni de délai d'interprétation des tests PCR. Tous ceux qui veulent se faire tester peuvent le faire, et ont le résultat rapidement. Et ceux qui veulent se faire tester, ce sont soit des personnes ayant des symptômes susceptibles de correspondre au COVID, soit des personnes qui ont peur d'être asymptomatique et de le refiler à des personnes de leur entourage. Le nombre de personnes se faisant tester deux fois dans la même semaine doit être négligeable. Du coup, si on prend des chiffres hebdomadaires, pourquoi la qualité du taux d'incidence serait moins bonne que celle du taux de positivité ? ce serait intéressant d'avoir des commentaires sur le sujet :-) Par ailleurs, l'avantage du taux d'incidence c'est que l'on parle en nombre de personnes.
Bonjour Serge,
Merci pour votre réponse,
Je suis d’accord avec vos remarques sur la meilleure qualité des résultats des tests actuellement.
Néanmoins, je maintiens qu’utiliser le taux d’incidence est un attentat à la raison. Plus vous testez plus vous trouvez de cas positifs. Fixer une barre d’un nombre de cas positifs n’a aucun sens. Seul le pourcentage, malgré ses imprécisions est un indicateur. Je vais plus loin, je pars de l’hypothèse que ceux qui se font tester sont représentatifs de l’ensemble des Français, et donc si par exemple on trouve 10% de cas positifs dans toute la France, on peut dire qu’il y a à peu près 6 700 000 de français porteurs du virus. Si on testait tous les Français le même jour, je pense qu’on serait proche de ce chiffre, avec de fortes disparités régionales bien sûr. La plupart ne le sauront pas, certains en souffriront, d’autres malheureusement en mourront. On pourrait alors se fixer une barre nationale de un ou deux millions de positifs pour confiner plus ou moins sévèrement, et une barre par région compte tenu des énormes écarts entre elles sachant qu’on n’est pas près de tomber à zéro avant longtemps. En plus de cet indicateur il faut bien sûr prendre en compte les hospitalisations, les réas et les décès.
Ceci dit, le taux d’incidence, malgré son aberration, ne va pas heureusement en sens contraire des autres indicateurs, donc il n’est pas nuisible. Le résultat, c’est que non seulement les tests PCR n’ont servi à rien en termes de lutte contre le virus, mais en plus on utilise mal les résultats.
Attention lorsqu'on dit qu'en doublant les tests, le taux d'incidence double... Aucune correlation n'est vérifiée.
@jean-pierre... les personnes qui vont se faire tester ne sont a mon avis pas representatives de l'ensemble des francais... justement!
@Thomas AMET oui c'est vrai que doubler le nbre de population testée ne garantie pas un doublement du nbre de cas positifs puisque l'homogénéité est loin d'être parfaite. Mais vous serez d'accord pour dire que plus on teste et plus on en trouve, surtout quand on tient compte du fait que le taux de faux positifs est important.
Merci Thomas de me donner votre avis. Concernant le doublement du taux d’incidence en doublant les tests, vous parlez de corrélation, j’aimerais avoir votre démonstration qu’il n’y en a pas. Moi, je pense le contraire sans faire de calculs. Si bien sûr ce n’est pas un doublement rigoureux, je pense qu’on n’en est pas loin.
Concernant la représentativité de l’ensemble des Français par les tests ; là-encore excusez-moi, je pense que si, elle s’en approche là-encore, en prenant les chiffres avec prudence, comme tous autres paramètres de la maladie. C’est une question d’intime conviction, comme vous le suggérez.
Je ne sais pas s’il y a corrélation, mais avec les chiffres dont je disposais, dont les résultats des tests, j’étais arrivé à la même conclusion que le Président de la République, il était absurde de confiner. Ce qui ne veut pas dire que dans quelques jours, il ne faudra pas changer d’avis. En guerre, pendant la bataille, c’est toujours le chaos et les ordres et contre-ordres pleuvent an fonction du déroulement de la bataille. C’est le général qui réagit le mieux et le plus vite qui gagne. Avec le covid, c’est pareil, on doit réagir en fonction des évènements.
Encore merci de m’avoir donné votre avis, c’était stimulant.
@emmanuel, nous sommes tous les deux d'accord et je trouve que communiquer sur le taux de positivité reflete plus la réalité de la situation que le taux d'incidence. Je ne suis cependant pas medecin et encore moins epidemiologiste et il existe peut etre un argument en faveur d'une telle statistique.
@jean-pierre, je vous remercie pour votre réponse. Je ne fais pas de politique lorsque je commente les données, seulement des statistiques basées sur les phénomènes reels sous-jacents.
Je pars de l'hypothèse que la majorité des gens qui se font tester, présentent des symptomes ou bien estiment avoir été en contact avec le virus, ce qui n'est pas representatif de l'ensemble des francais.
Ce que je veux dire par la, c'est qu'on ne peut pas (du moins je ne pense pas pouvoir) considerer les personnes testéescomme representative de l'ensemble des francais car le test n'est pas un acte aléatoire. On ne decide pas un matin en se levant d'aller faire un test, de meme on n'est pas tiré par la lotterie pour se faire tester.
Derrière l'acter de se faire tester il y a une notion d'un risque subit par l'individu (cas contact / symptome/ etc). Aussi, la population testée a, selon moi, une probabilité plus élevé d'etre positive qu'une personne qui n'a aucune raison apparente d'aller faire un test.
Extraction des codes postaux
Bonjour,
Est il possible d'avoir une extraction de données avec les codes postaux ?
Je vous remercie par avance de votre retour,
Bonne journée.
Maj des données
Bonjour,
les données ne sont plus à jour depuis le 25/08.
Cordialement.
Accès aux données avant le 13 mai
Bonjour,
Est-il possible d'accéder aux données d'incidence par région, sexe, et âge avant le 13 mai ?
Merci.
Bonsoir,
Qu'est-il entendu par "tests" positifs ?
PCR + ?
IgG + ?
IgM + ?
IgG et/ou IgM + ?
Si seules les PCR sont comptabilisées, quel usage est-il fait des chiffres de sérologies réceptionnés par les ARS à partir des laboratoires ?
Merci pour vos réponses.
Bonne journée et merci de maintenir cet ensemble de données !
J'aimerais savoir s'il est possible que ces données existent également avant le 13 mai? Je sais qu'il existe un jeu de données "Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville" mais, à ma connaissance, il ne contient que des données provenant de trois laboratoires différents. En outre, lorsque l'on fusionne ces deux ensembles de données, les chiffres semblent beaucoup trop bas.
Notre groupe de recherche souhaiterait utiliser ces données pour un article scientifique. Une autre question qui se pose est donc de savoir s'il est possible de demander l'accès à ces données si elles existent dans votre organisation et ne sont pas publiques.
Merci pour votre réponse et bonne journée!