OLD Indicateurs de l’activité épidémique: taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19 par métropole SI-DEP

Description

Information du 20 mai 2021

A compter de ce jour, les indicateurs seront corrigés afin de supprimer l’effet doublon, lors de la réalisation de plusieurs tests de dépistage par une même personne.

Depuis le début de la pandémie, la plateforme sécurisée Si-DEP enregistre tous les résultats des tests de dépistage. Afin de garantir la protection des données personnelles des personnes testées, chaque résultat était lié à l’émission d’un pseudo anonymisé. Cependant, avec l’apparition des variants sur le territoire, certaines personnes sont amenées à réaliser deux tests, jusqu’à présent comptabilisés deux fois.

L'algorithme utilisé a donc récemment été mis à jour afin qu’il ne décompte qu’un seul patient lorsque celui-ci se fait tester plusieurs fois dans un intervalle de temps court, toujours en respectant l'anonymat. Grâce à cette nouvelle pseudonymisation, Santé publique France est capable de renforcer son efficacité et de produire des données encore plus précises, consultables chaque semaine dans son point épidémiologique.

Les actions de Santé publique France

Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national.

Le Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP)

Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Description des données

Le présent jeu de données contient un fichier avec :

  • Le taux d'incidence toute classe d'âge pour chaque métropole ;
  • Le taux d'incidence pour les personnes âgées de plus de 65 ans pour chaque métropole ;

Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100 000 habitants sur 7 jours glissants. Il est calculé de la manière suivante :
(100000 * nombre de cas positif) / Population.

Fréquence de mise à jour des données quotidienne.

Dernière mise à jour
21 février 2023

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Qualité des métadonnées:
Bon(78 %)
  • Fréquence de mise à jour non respectée

  • Couverture temporelle non renseignée

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5 discussions

Taux d'incidence de la France

Posté le 4 mai 2021
Bonjour, Etant en partance pour un voyage à l'étranger je souhaiterai savoir où trouver l'information du taux d'incidence sur les 14 derniers jours pour la France. Ce pays imposant une quarantaine si la France a un taux supérieur à 500 et juste un test PCR négatif pour un taux d'incidence compris entre 150 et 500. Je ne trouve malheureusement aucune données sur une période de 14 jours consécutif. En vous remerciant par avance de votre retour d'information, Cordialement Mme GODO

Taux d'incidence infection respiratoire

Posté le 18 mars 2021
Bonjour, Je constate que le taux d'incidence signalé par le réseau Sentinelles (https://www.sentiweb.fr/france/fr/) est toujours TRS LARGEMENT INFERIEUR à celui signalé par Santé Publique France. Par exemple, pour la semaine du 01/03/2021 au 07/03/2021, taux d'incide de 64 pour toute la France. Pouvez-vous m'expliquer pourquoi vous avez toujours des valeurs TRES ELEVEES qui justifient toujours les restrictions actuelles ? Merci.

Besoin de confirmation cl_age90 et Erreur à signaler 974 population cl_ag90= 0

Posté le 23 février 2021
Bonjour, Merci pour ce jeu de données. Je suis médecin conseil technique de la rectrice de la Réunion. Aussi je m'intéresse au département 974 et aux enfants. Pourriez vous me confirmer que la classe d'age 0 de cl-age90 correspond au enfant de 0 à 8ans inclus et par suite que la la classe d'age 9 de cl-age90 correspond au enfant de 9 à 18 ans inclus ? J'ai noté une erreur dans la population de la classe d'age 0 renseigné à 859959. Je pense qu'il s'agit d'une erreur de saisie sur le double 9 car cela représente à peu de chose près la population totale de la Réunion. :-)
Posté le 12 mars 2021
Bonjour, Non : la classe d'age 0 correspond à la somme des classes d'age. Mais attention : la somme des classes d'age ne vaudra pas (pas toujours) la classe d'age 0 : certains patients sont sans classe d'age donc ils sont dans "03 mais dans aucune classe d'age. On a donc 0 >= somme des classes d'age
Posté le 15 mars 2021
Bonjour, Merci pour cette réponse. Cela confirme ce que j'avais pu comprendre des classes d'age en traitant les données. Je prends note de l'écart lié à l'absence de renseignement de la classe d'age 03
Posté le 15 mars 2021
Bonjour, Désolé : il y a eu une faute de frappe : il fallait lire : donc ils sont dans "0" mais dans aucune (autre, j'en profite pour l'ajouter cela sera plus clair ainsi) classe d'age. LA double côte et le chiffre 3 étant sur la même touche en haut du clavier j'ai dû appuyer sur shift par erreur ...

SVP le code département 🙏🏼

Posté le 17 octobre 2020
Bonjour, Merci pour ces données TI des métropoles. Serait-il possible d'ajouter le code dep ou region , afin de les joindre avec mes tableaux existants qui sont tous indexés soit par région, soit par dép ? Ou fournir un jeu de données qui fait le lien entre code epci et code dep ?
Posté le 18 octobre 2020
Bonjour, Vous avez le fichier qui donne le lien entre le code epci et le nom de la ville (métropole), si vous avez le nom de la ville (métropole) alors vous avez le code postal et si vous avez le code postal, vous avez le numéro de département et si vous avez le numéro de département, vous avez le numéro de région ... Vous avez donc déjà tout ce qu'il faut
Posté le 18 octobre 2020
Je viens de vous mettre à disposition un fichier dans la zone "ressources communautaires" qui donne le code epci de la métropole, son nom, son département (en numéro), sa région (en numéro), son département (en nom) et sa région (en nom) Au format csv comme pour la plupart des autres fichiers de ce site. Le nom de ce fichier est "region-departement-epci.csv"
Posté le 18 octobre 2020
Bonjour Denis Merci pour ce fichier qui fournit les codes EPCI (peu commun) et le code dep correspondant. C'était surtout ça que je cherchais. Les noms de départements, je comprends déjà comment les trouver...https://limegimlet.github.io/covid_dataviz/
Posté le 27 octobre 2020
Bonjour, Il n y plus de taux d'incidence "tous âges" dans les fichiers csv. Un pb technique, ou faut-il désormais le chercher ailleurs ? merci lg

Quel est le critère pour passer une métropole en situation de couvre-feu?

Posté le 16 octobre 2020
Bonjour, Bien que sachant qu'il y a plusieurs critères, en analysant le fichier fourni on voit qu'une métropole comme Clermont-Ferrand a vu son TI multiplié par quasiment 5 en un peu plus de 15 jours ; pour autant il n'y a pas de couvre-feu prévu pour Clermont-Ferrand?
Posté le 16 octobre 2020
"Au temps pour moi" comme on dit. Voici les critères (trouvés sur le site du gouvernement) : Les critères retenus pour choisir les villes en couvre-feu sont les suivants : incidence à plus de 250 pour 100 000 habitants, incidence des personnes âgées supérieure à 100, taux d’occupation des lits de réanimation supérieur à 30% et une dynamique conduisant à un dépassement des 50% dans les prochaines semaines. Je me réponds à moi-même au cas ou d'autres que moi se poseraient la même question et auraient l'idée de lire ce post
Posté le 17 octobre 2020
Bonjour, Et merci pour la précision des critères... En ce qui concerne le fichier, c'est très synthétique, on n'a que le taux d'incidence avec le détail de la classe d'âge p65, mais aucun effectif... Pour les positifs on peut reconstruire avec la population en la reprenant sur l'insee j'imagine, mais pour le nombre de tests réalisés ? Le taux de positivité n'est pas ou plus jugé comme un indicateur participant aux critères ? Pour moi il manque ce dénominateur : plus on teste plus on trouve à l'échelle du département comme à l'échelle des métropoles ? Merci
Posté le 17 octobre 2020
Bonjour, Voici la liste des jeux de données complet (selon extraction faite par le site lui-même) avec les URLs associées (décalées pour lisibilité): capacite-analytique-de-tests-virologiques-dans-le-cadre-de-lepidemie-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/capacite-analytique-de-tests-virologiques-dans-le-cadre-de-lepidemie-covid-19/ donnees-de-certification-electronique-des-deces-associes-au-covid-19-cepidc https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-certification-electronique-des-deces-associes-au-covid-19-cepidc/ donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/ donnees-denquete-relatives-a-levolution-des-comportements-et-de-la-sante-mentale-pendant-lepidemie-de-covid-19-coviprev https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-denquete-relatives-a-levolution-des-comportements-et-de-la-sante-mentale-pendant-lepidemie-de-covid-19-coviprev/ donnees-relatives-aux-tests-de-depistage-de-covid-19-realises-en-laboratoire-de-ville https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-tests-de-depistage-de-covid-19-realises-en-laboratoire-de-ville/ indicateurs-de-lactivite-epidemique-taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19-par-metropole https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-de-lactivite-epidemique-taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19-par-metropole/ donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/ donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/ niveaux-dexces-de-mortalite-standardise-durant-lepidemie-de-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/niveaux-dexces-de-mortalite-standardise-durant-lepidemie-de-covid-19/ taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19/ J'en ajoute une qui n'est plus référencée mais pourtant toujours mise à jour : Indicateurs de suivi de l’épidémie de COVID-19 https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-de-covid-19/#_ Parmi elles il y a celle qui vous permettra de suivre le nombre de tests réalisés. Si vous voulez des chiffres globaux (France entière), vous pouvez les trouver ici : https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/coronavirus-chiffres-cles-et-evolution-de-la-covid-19-en-france-et-dans-le-monde Ainsi que dans une sous zone : "Cartes des régions pour suivre l’évolution de l’épidémie de COVID-19 en France avec GEODES" Ou sur GEODES : https://geodes.santepubliquefrance.fr/#view=map2&c=indicator Ou encore le site du gouvernement : https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees MAis dans les 3 cas il vous faudra refaire jour par jour un tableau synthétique. C'est l'avantage de data gouv / ETALAB : on a un tableau reprenant chaque jour depuis le début.
Posté le 17 octobre 2020
merci pour ces liens. Mais pour moi ce n'était pas ma question... Pardon je n'ai pas dû être clair, je voulais juste faire remarquer que dans le fichier au niveau métropole, il n'y a que l'incidence, aucune autre donnée (réa, positivité, effectifs). Sauf erreur. Que dans ce nouveau fichier, il y a moins d'informations que dans les autres aux niveaux département, région ou France. Ce que je trouve dommage. Au niveau métropole, on n'a que l'incidence. Je me trompe ?
Posté le 17 octobre 2020
j'avais bien compris mais c'est ma réponse qui est peu claire ... si on veut tout avoir, c'est à nous de 'picorer' les données de droite et de gauche ... et faire nos propres agrégations. Vous avez raison : pour une ville (métropole) on n'a que le TI Mais faire sur le département doit donner de bons résultats pour le taux de positivité etc. Je crois que c'est sur le jeux de données 'données hospitalières' que quelqu'un faisait la même remarque que vous en indiquant qu'il serait intéressant d'avoir les chiffres pour métropole et 'hors métropole' dans un même département Pour rappel : Paris donne toujours le ton et la différence entre 'métropole' et 'département' doit être très minime. Si pour les autres départements on a des chiffres qui sont bons à plus de 90% pour 'département' et 'métropole', est-il besoin d'avoir les 2? Il serait intéressant d'avoir les 2 données mais est-ce bien le moment? L’État et les autorités ont d'autres 'chats à traiter' Aujourd'hui l'intérêt est de savoir quels chiffres nous avons à disposition et comment ils sont 'lus'. On a les 2. à nous de vérifier maintenant que les analyses des données brutes sont faites correctement. C'est ce à quoi je me limite.
Posté le 18 octobre 2020
Bonjour, Pour ajouter un peu d'eau au moulin : les 9 villes (métropoles) sous couvre-feu concernent déjà 20 millions d'habitants (si l'on en croit ce que disent les journalistes, je n'ai pas vérifier, il faudrait additionner la population des 1683 communes concernées et je n'en ai ni l'envie ni le temps). Est-ce que ça vaut vraiment le coup de connaître le TI en dehors? Je parle du ROI sur ce genre d'étude.
Posté le 18 octobre 2020
Bonjour, Ce n'était pas une critique je faisais juste remarquer qu'il n'y a que le taux d'incidence. Il semble bien que ce soit l'indicateur qui ait le plus de sens, ça se confirme finalement. Ensuite bien sûr selon la question que l'on se pose et l'état de l'épidémie, la typologie des données (niveau géographique, mesure) répond ou non. Merci pour l'échange.