Les taxons bactériens pathogènes constituent une part substantielle du microbiote fécal des chauves-souris et des oiseaux migrateurs communs en Europe.

Contexte & objectifs

Les microbiotes intestinaux des vertébrés, composés principalement de bactéries, archées, champignons et virus, jouent un rôle clé dans de nombreux processus physiologiques. Cependant, peu d’études ont porté sur le microbiote des populations sauvages d’oiseaux et de chauves-souris migrateurs qui parcourent de vastes distances, favorisant la transmission de pathogènes à l’échelle continentale.
Cette étude vise à caractériser la composition du microbiote fécale de trois espèces d’oiseaux migrateurs (Merle noir (Turdus merula), Canard colvert (Anas platyrhynchos) et Pigeaon ramier (Columba palumbus)) et une espèce de chauve-souris (Pipistrelle de Nathusius (Pipistrellus nathusii)) en Europe, en utilisant la séquence longue de l’ADN 16S rRNA par PacBio, afin d’identifier la diversité bactérienne, la présence de pathogènes potentiels et le rôle potentiel de ces animaux dans la transmission de bactéries pathogènes.

Protocole

Les échantillons (fèces de chauves-souris et écouvillons cloacaux d’oiseaux) ont été collectés dans divers pays européens (Finlande, Danemark, Lettonie, France, Pologne).
Après extraction de l’ADN, une amplification du gène 16S rRNA a été réalisée, suivie de séquençage par la plateforme PacBio, permettant une résolution taxonomique fine. La bio-informatique comprenait le filtrage, la décontamination, la classification taxonomique et l’analyse statistique. Des PCR ciblées ont également été utilisées pour valider la présence de certains pathogènes notamment Campylobacter et Bartonella.

Résultats

La séquence a révélé une grande diversité de variants avec une majorité spécifique à chaque hôte. La diversité bactérienne différait selon l’espèce, les oiseaux ayant une richesse plus faible que la chauve-souris. La composition microbiotique comprenait principalement les phyla Firmicutes, Proteobacteria, Campylobacterota, Actinobacteriota et Bacteroidota. La majorité des bactéries avaient un potentiel pathogène humain ou végétal, avec la détection de « bloomers » pathogènes chez certains individus, pouvant indiquer une dysbiose et un risque accru de transmission. La présence de bactéries spécifiques à chaque hôte suggère une forte spécialisation, mais aussi la possibilité de transmission interspécifique à l’échelle continentale.

Données

L'ensemble des données générées pour cet article sont disponibles dans le dépôt NCBI.
Les données brutes de séquençage PacBio sont accessibles sous le numéro d'accès BioProject PRJNA977964.
Les séquences modifiées des loci MLSA sont disponibles aux références OQ873545-OQ873558 et OQ877073-OQ877081.