La nouvelle région compte 16,6 % de son territoire inventorié comme zone naturelle d’intérêt écologique faunistique et floristique (ZNIEFF) de type 1 lorsque la moyenne nationale est de 8.9%.
Le nombre total de sites protégés représentés ici s’élève à 300, ce qui, par ordre décroissant,donne les types suivants : 1- les sites classés (37%), 2- les sites Natura 2000 (29,7%), 3- les sites du Conservatoire du littoral (12,7%), 4- les réserves naturelles régionales (9,3%), 5- les APPB (8%) et les réserves naturelles nationales.
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