pyvoa — Python Virus Open Analysis pyvoa

pyvoa (Python Virus Open Analysis, anciennement PyCoA) est une bibliothèque Python libre (licence MIT) qui donne un accès direct et uniformisé aux données épidémiologiques ouvertes, de la COVID-19 aux autres maladies virales. Elle s'adresse à celles et ceux qui veulent s'approprier ces données plutôt que consulter un tableau de bord : lycéen.nes et étudiant.es, journalistes de données, analystes, chercheur.euses.

Les données de data.gouv.fr que pyvoa lit

Toutes publiées par Santé publique France sous Licence Ouverte 2.0, et accessibles en une ligne de Python :

• spf, par département :
  • Synthèse des indicateurs de suivi de l'épidémie COVID-19 : hospitalisations, réanimations, décès, retours à domicile, taux d'incidence ;
  • Indicateurs de suivi de l'épidémie de COVID-19 : taux de reproduction R, taux de positivité, occupation des lits de réanimation ;
  • Données de laboratoires pour le dépistage (SI-DEP) : tests et cas positifs, criblage des mutations ;
  • Données relatives aux personnes vaccinées contre la Covid-19 : primo-vaccinations, schémas complets, rappels ;
• spfnational : la même synthèse à l'échelle de la France ;
• sumeau : la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées (SUM'Eau), désormais mise à jour par Santé publique France sur son portail Odissé, que pyvoa lit aussi.

Les exemples de pyvoa utilisent en outre le Fichier des personnes décédées de l'Insee.

Ces séries sont reconnues par département et par région quelle que soit leur graphie, mises au même format que les 23 bases internationales et nationales de pyvoa (JHU, OWID, RKI, Sciensano…), et prêtes à être comparées, normalisées par la population, tracées ou cartographiées, avec matplotlib ou bokeh, ou reprises dans pandas.

Des données qui restent lisibles

Les indicateurs COVID-19 de Santé publique France se sont arrêtés au 30 juin 2023, avec la fin du dispositif SI-DEP. pyvoa lit par défaut une copie figée de chaque fichier, déposée sur Zenodo avec un identifiant pérenne : une analyse reste reproductible même si le fichier source disparaît ou change d'adresse. Un mode « live » (pf.setlive(True)) lit les fichiers de data.gouv.fr ou d'Odissé directement.

Nos réutilisations montrent des exemples complets, code compris : une carte des décès hospitaliers par département, les décès journaliers en France depuis 2000, ou le signal des eaux usées confronté aux cas et aux hospitalisations.

• Site du projet : https://pyvoa.org
• Code : https://github.com/pyvoa/pyvoa
• Documentation : https://pyvoa.github.io/pyvoa/
• Installation : pip install pyvoa

Tristan Beau, Julien Browaeys, Olivier Dadoun — Université Paris Cité, Sorbonne Université, CNRS.