Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville

Mis à jour le 3 avril 2020 — Licence Ouverte / Open Licence version 2.0

Santé publique France

Santé publique France est l’agence nationale de santé publique. Créée en mai 2016 par ordonnance et décret, c’est un établissement public administratif sous tutelle du ministère chargé de la Santé. Sa mission : améliorer et protéger la santé des populations. Cette mission s'articule autour de…

21 jeux de données

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Description

Point d'attention

Depuis le 29 mai 2020, ce jeu de données n'est plus mis à jour. Le système d’information national (SIDEP) de dépistage du Covid-19 est désormais le système qui fait référence. Vous pouvez retrouver les données de résultats de tests sur le jeu de données "Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19".

Les actions de Santé publique France

Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national.

Description du jeu de données

Le présent jeu de données renseigne sur le nombre de tests de dépistage du COVID-19 réalisés par les laboratoires de villes, par département et par sexe :

  • Nombre de tests réalisés ;
  • Nombre de tests positifs.

Un fichier quotidien et un fichier hebdomadaire sont proposés.

Mode de production des données

Le système de surveillance, appelé 3labos, repose sur la remontée automatisée des données individuelles de trois laboratoires centralisateurs de prélèvements (France métropolitaine et DOM) : Eurofins Biomnis et Cerba. Les objectifs de ce système de surveillance sont le suivi des tendances temporo-spatiales de maladies infectieuses ciblées, la contribution à l’investigation d’épidémies et l’apport de données complémentaires aux systèmes de surveillance existants.

Dans le cadre de l'épidémie de COVID-19, des données sont transmises quotidiennement et incluent le résultat biologique (réalisé par PCR), l’âge, le sexe et le département du patient ou du laboratoire préleveur.

Les données sont transmises quotidiennement à Santé publique France, avec un certain délai entre la date de prélèvement et la réalisation du test. Ces délais comprennent le temps d’acheminement de l’échantillon, la réalisation du test, le traitement administratif du dossier et son enregistrement dans le système d’information.

Éléments d'attention

Le fichier mis à disposition contient uniquement les tests réalisés par les laboratoires de ville. Il ne recense pas l’ensemble des tests réalisés en France.

Certains fichiers peuvent comporter des anomalies du fait des difficultés de collecte des données. Des rapports d'erreurs sont publiés tous les jours par Etalab dans la rubrique ressources communautaires :

N’hésitez pas à signaler d'autres anomalies en commentaire. Ces remarques seront communiquées à l'équipe en charge de la collecte et diffusion des données.

Ressources 4

Voir aussi : ressources communautaires

Fichier principal 2

7837 téléchargements

donnees-tests-covid19-labo-quotidien-2020-05-29-19h00.csv

Disponible
csv (1.3Mo)
Type
Fichier principal
Type MIME
text/csv
sha1
0b4d60d22c9e06af9e86c909a39822efba095625
Créée le
27 mars 2020
Modifiée le
29 mai 2020
Publiée le
27 mars 2020
1588 téléchargements

donnees-tests-covid19-labo-hebdomadaire-2020-05-27-19h00.csv

Disponible
csv (186.3Ko)
Type
Fichier principal
Type MIME
text/csv
sha1
e78338f1acdbf576b9d646968145780cf5020622
Créée le
3 avril 2020
Modifiée le
27 mai 2020
Publiée le
3 avril 2020

Documentation 2

Ressources communautaires 5

Vous avez construit une base de données plus complète que celles présentées ici ? C'est le moment de la partager !

1 téléchargements

cas-confirmes-guyane.csv

Denis ARNAUD

Disponible
csv (1.9Ko)

Nombre de cas confirmes selon les fichiers sursaud

Type
Type MIME
text/csv
sha1
fed77b81fa90f4501d11aa250a28330de0e0ca14
Créée le
9 juin 2020
Modifiée le
9 juin 2020
Publiée le
9 juin 2020
4 téléchargements

cas-confirmes-guyane.jpg

Denis ARNAUD

Disponible
jpg (111.2Ko)

Cas confirmés recensés en Guyane
*2 puisque l'ARS Guyane comptabilise elle aussi (comme SPF avant) à la fois la classe d'age 0 (qui regroupe toutes les classes d'age) et les classes d'age A B C D & E
Le nombre de cas est donc en réalité au 4 Juin de 282 et non pas 556

Type
Type MIME
image/jpeg
sha1
d2232446950fe32177639bad8e54ead6753098b6
Créée le
9 juin 2020
Modifiée le
9 juin 2020
Publiée le
9 juin 2020
8 téléchargements

enrichissement-donnees-covid-19-sante-publique-france-02-juin-2020.zip

François Canellis

Disponible
zip (2.5Mo)

Mon but est de faciliter la prise en main des data par des profils de type statisticiens ou data scientist. Ou autre…
Objectif : Créer facilement des nouvelles visualisations, des nouveaux indicateurs en complément à ceux présentés chaque soir par le Pr Salomon.
Des projections, ratios, corrélations éventuellement cachées. « Mesurer pour comprendre » (devise de l’INSEE)

Les trois jeux de données Santé Publique France sont produits à la granularité du département. Le référentiel d’enrichissement est donc identique pour les trois.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :
Préfecture du dpt, indication de préf. de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, population INSEE, par tranches d’âge, etc…

Plus d’info sur mon site : https://www.fcafcadata.net/

Type
Type MIME
application/zip
sha1
07b2150719e485be131c1e4abe6f3c0d69ee5922
Créée le
23 avril 2020
Modifiée le
2 juin 2020
Publiée le
23 avril 2020
7 téléchargements

donnees-tests-covid19-labo-quotidien-incoherence-03052020.xlsx

Disponible
xlsx (141.0Ko)
Type
Type MIME
application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet
sha1
721f207c8b6ee6f02c6bff5dd10039cb78910a3c
Créée le
3 avril 2020
Modifiée le
4 mai 2020
Publiée le
3 avril 2020
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Réutilisations 9

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Discussions 0

Discussion entre l'organisation et la communauté à propos de ce jeu de données.