Information du 20 mai 2021
A compter de ce jour, les indicateurs seront corrigés afin de supprimer l’effet doublon, lors de la réalisation de plusieurs tests de dépistage par une même personne.
Depuis le début de la pandémie, la plateforme sécurisée Si-DEP enregistre tous les résultats des tests de dépistage. Afin de garantir la protection des données personnelles des personnes testées, chaque résultat était lié à l’émission d’un pseudo anonymisé. Cependant, avec l’apparition des variants sur le territoire, certaines personnes sont amenées à réaliser deux tests, jusqu’à présent comptabilisés deux fois.
L'algorithme utilisé a donc récemment été mis à jour afin qu’il ne décompte qu’un seul patient lorsque celui-ci se fait tester plusieurs fois dans un intervalle de temps court, toujours en respectant l'anonymat. Grâce à cette nouvelle pseudonymisation, Santé publique France est capable de renforcer son efficacité et de produire des données encore plus précises, consultables chaque semaine dans son point épidémiologique.
Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national.
Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des testsréalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.
La création de ce système d'information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l'état d'urgence sanitaire par application du décret n° 2020-551 du 12 mai 2020 relatif aux systèmes d’information mentionnés à l’article 11 de la loi n° 2020-546 du 11 mai 2020 prorogeant l’état d’urgence sanitaire et complétant ses dispositions.
Le présent jeu de données renseigne à l'échelle départementale et régionale :
Le présent jeu de données renseigne à l'échelle nationale :
Le taux de positivité correspond au nombre de tests positifs rapportés au nombre de tests réalisés. Il est calculé de la manière suivante : 100*nombre de test positif/ nombre de tests réalisés
Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:
La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.
Limites :
Pour en savoir plus consultez la note méthodologique disponible dans les ressources.
Depuis le 8 décembre, après avoir vérifié la qualité des données remontées, tous les résultats de tests RT-PCR ou Antigéniques, entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage) utiles au suivi de l’épidémie de COVID-19. Par ailleurs, l’épidémie se prolonge dans le temps et les capacités de dépistage ont augmenté, ce qui conduit à une fréquence croissante de personnes testées plusieurs fois. Ainsi, un ajustement des méthodes de dédoublonnage pour les patients bénéficiant de tests répétés et donc de la définition des personnes testées étaient nécessaires. Santé publique France, dans son approche épidémiologique centrée sur les patients, a donc adapté ses méthodes pour que ces indicateurs reflètent notamment au mieux la proportion de personnes infectées parmi la population testée. Ces évolutions n’ont pas d’impact sur les tendances et l’interprétation de la dynamique de l’épidémie, qui restent identiques. Des données plus précises relatives aux tests (incidence et positivité) sont également publiées par Santé publique France (données SI-DEP).
Taux de positivité - quotidien - département .
Taux de positivité - quotidien - région.
Taux de positivité - quotidien - france.
Taux de positivité - hebdomadaire - departement.
Taux de positivité - hebdomadaire - région .
Taux de positivité - hebdomadaire - France.
Taux de positivité - Quotidien.
Taux de positivité - hebdomadaire.
Description des métadonnées.
You can easily embed this dataset on your website by pasting this snippet in your html page.
You have built a more comprehensive database than those presented here? This is the time to share it!
Jean-Paul Mochet
Disponiblehttp://www.prweb.com/releases/2021/4/prweb17872381.htm
https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:6790626461494632448/
https://www.linkedin.com/pulse/what-contributions-semantic-graph-technologies-analysis-mochet/?lipi=urn%3Ali%3Apage%3Ad_flagship3_profile_view_base_post_details%3B0VnHya%2FAQB%2BiIa7Fuid9og%3D%3D
Vigilance COVID
DisponibleDashboard journalier - Suivi de l'évolution épidémique et hospitalière par classe d'âge
Tableau de bord sur la positivité des tests virologiques par âge et régions pour l'année 2020. Chargez les données de Data.gouv.fr et visualisez nos tableaux et graphiques mis à jour.
François Canellis
DisponibleNouvelle version !!! (09/07) : Ajout d'analyses relatives au déconfinement depuis le 1er Juin
Données actualisées le 17/08/2020 pour les quatre jeux de données (sauf pour données relatives aux tests de dépistage)
site de téléchargement et d'information : https://www.fcafcadata.net/
La réutilisation concerne quatre jeux de données publiés par Santé Publique France:
Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19
Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (production interrompue par SPF depuis le 29/05)
Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP) (production récente)
Les quatre jeux de données étant à la granularité du département. Le référentiel d'enrichissement est donc identique pour chacun d’entre eux.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :
Préfecture du dpt, indication de la préfecture de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, décès, population INSEE, par tranches d'âge, etc..
J'ai créé un dépôt git : https://github.com/fcafca/Enrichissement-des-donnees-COVID-19-Sante-Publique-France
J’ai démarré la réalisation d’une série de tableaux de bord, avec l’outil libre et open source Apache Superset qui représente une alternative crédible au « poids lourd » du secteur : Tableau.
https://github.com/apache/incubator-superset
Malheureusement, pour l’instant, je ne dispose pas d’une instance dimensionnée pour proposer un accès public à Superset.
Dans l’attente, je publie ces copies d’écran. Trois thèmes sont abordés, dont l'évaluation du déconfinement :
Thème 1 : Evaluation du déconfinement depuis le 1er juin (nouvelle version)
Pour résumer la situation en ce début du mois de Juillet, mis à part en Guyane et à Mayotte, l’épidémie est annoncée comme globalement maîtrisée.
En revanche, le virus est toujours là. La situation est mesurée par Santé Publique France au travers d’un point hebdomadaire publié en fin de semaine.
Le point central d’attention tourne autour des fameux « clusters », et notre capacité à les traiter au fur et à mesure de leurs apparitions.
Le PDF de l’analyse nationale est pour le moins consistant. 31 pages de graphiques accompagnés de commentaires, pour certains assez « obscurs ».
Certaines données ne sont pas publiques, notamment celles qui concernent le détail et la localisation des clusters.
Pour celles qui sont accessibles et issues des trois sources disponibles citées en début de page, j’ai pour objectif de reprendre certains de leurs graphiques, en plus « détaillé ».
Le dashboard réalisé est un premier jet, une sorte de brouillon que je compte bien améliorer dans les jours à venir.
Discussion between the organization and the community about this dataset.
