Données de laboratoires pour le dépistage : Indicateurs sur les mutations SI-DEP

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Santé publique France

Informations

License
Licence Ouverte / Open Licence version 2.0
Frequency
Daily
Creation date
July 1, 2021
Modification date
September 22, 2021
Latest resource update
July 1, 2021
Territorial coverage granularity
French county
Territorial coverage
France

Extras

ID
60dd8e92b9d32e9afdc23491
Creation date
July 1, 2021
Modification date
September 22, 2021

EVOLUTION DE LA STRATEGIE DE CRIBLAGE

Les tests RT-PCR de criblage utilisés et dont les résultats sont remontés dans SI-DEP permettaient de suspecter la présence du variant préoccupant (VOC) Alpha (20I/501Y.V1) et de manière non distincte des VOC Bêta (20H/501Y.V2) ou Gamma (20J/501Y.V3). Cette stratégie de criblage ciblant les VOC Alpha, Beta et Gamma n’est plus adaptée à la diversité croissante des variants émergents du SARS-CoV-2.
Depuis le 31/05/2021, la stratégie de criblage a évolué pour rechercher certaines mutations d’intérêt pouvant être retrouvées dans différents variants. Elle ne permet donc plus d’assigner l’infection à un variant spécifique mais permet de suivre l’évolution dans le temps et sur le territoire de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations.

Pour la première phase de déploiement, les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées car elles sont potentiellement liées à un échappement immunitaire et/ou à une augmentation de transmissibilité et sont retrouvées dans la majorité des VOC à ce jour. Du fait du rendu du résultat de ces PCR dans des délais plus courts que le séquençage, des mesures spécifiques peuvent être mises en place dès la détection de cas porteurs de mutations d’intérêt dans le but de freiner leur diffusion (renforcement du contact tracing, campagne de dépistage ou de vaccination).

REMONTEE DES RESULTATS DANS SI-DEP

La nomenclature des codes utilisés pour la remontée d’information sur le lignage des mutations a évolué pour prendre en compte cette nouvelle stratégie. Elle a été conçue sous la forme d’une succession de caractères alphabétiques sensibles à la casse et de chiffres. Le caractère alphabétique représente une mutation d’intérêt, le chiffre représente la valeur du résultat pour chaque mutation.

ANALYSE DES DONNEES REMONTEES DANS SI-DEP

Les données sont rapportées à l’ensemble des tests positifs réalisés (RT-PCR + TA), et non au nombre de personnes testées ou positives. En effet la définition des personnes pour le calcul des indicateurs ne retient qu’un seul test pour une personne dans une période donnée, alors que cette dernière peut s’être fait tester plusieurs fois (test antigénique, suivi par une PCR par exemple). Cette méthodologie pourrait amener à ne pas comptabiliser un test qui porte une information sur la présence d’une mutation, et donc sous-estimer leur représentation.
L’ensemble des tests positifs de la base SI-DEP font l’objet de recherche d’information sur une ou plusieurs mutations, avec l’application d’un nettoyage concernant les doublons stricts, basé sur une clé correspondant :

  • au pseudonyme de la personne (code anonymat individuel basé sur les traits identifiants de la personne)
  • à la date et l’heure du prélèvement
  • au type d’analyse

DONNEES DISPONIBLES

Mutation d'intérêt :
A = E484K
B = E484Q
C = L452R

Les données sont disponibles au niveau département, région et France.

Les variables disponibles :
nb_crib : Nombre de tests criblés
nb_pos : Nombre de tests positifs
tx_crib : Taux tests criblés
nb_A0 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation A est négatif
nb_A1 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation A est positif
tx_A1 : Taux de présence mutation A
nb_B0 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation B est négatif
nb_B1 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation B est positif
tx_B1 : Taux de présence mutation B
nb_C0 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation C est négatif
nb_C1 : Nombre des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation C est positif
tx_C1 : Taux de présence mutation C

La note méthodologique complète est disponible.

LIMITE

Le taux de tests criblés peut dépasser les 100% dans certains départements puisque le nombre de tests criblés peut dépasser le nombre de tests positifs. Ceci est probablement dû à la saisie de résultats de criblage alors que le TA était négatif. Pour des raisons de compatibilité, ce seuil est alors borné à 100%.

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Note-methodologique-mutation-2021-07-01.pdf

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Données sur la présence des mutations d’intérêts - Départements

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July 1, 2021
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Données sur la présence des mutations d’intérêts - Régions

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Données sur la présence des mutations d'intérêts - France

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