Référentiel Taxonomique TaxRef TaxRef

Description

Taxref est le référentiel taxonomique national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer, élaboré et diffusé par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN). Ce référentiel est unique pour la France ; il a pour but de lister et d’organiser les noms scientifiques de l'ensemble des êtres vivants recensés sur le territoire.

Gargominy O (2022). TAXREF. Version 4.8. UMS PatriNat (OFB-CNRS-MNHN), Paris. Checklist dataset https://doi.org/10.15468/vqueam accessed via GBIF.org on 2022-06-10.

Dernière mise à jour
17 octobre 2023

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TaxRef v13 - Problème niveaux de Rang indisponibles

Posté le 25 février 2020
Bonjour, Dans le cadre de futurs rapportages de données à l'OFB, je suis en train de créer une base de données afin de stocker le comptage de différentes espèces et la mesure de différents paramètres sur le milieu marin. J'ai donc effectuer le téléchargement d'une extraction des espèces marines métropolitaines via votre site internet, afin d'utiliser le TaxRef comme mon référentiel espèce, nos anciennes base de données ont été créer sur la base du Worms, et son identifiant AphiaID. Le problème que j'aimerais soulever ici est que de nombreuses identifications réalisées pendant nos comptages in situ ne se font pas jusqu'à l'identification de l'espèce, mais s'arrêtent à un niveau supérieur. Hors, le tableau qui m'a été donné en téléchargement ne possèdent ni les niveaux de rang "Famille" et "Genre". Ce qui me pose un problème puisque je n'ai pas d'identifiant pour lier mon comptage au référentiel espèce. Auriez-vous une solution ? Faut-il que je télécharge directement l'ensemble du TaxRef (je ne sais pas si les rangs Famille et Genre sont alors disponibles) ? Je suis passé par cette étape tout à l'heure mais ayant vu que certaines champs avait des problèmes d'encodage (caractère spéciaux, accent, etc.) je me suis tourné vers l'extraction des espèces marines. Bien cordialement, Thomas Schohn, Ingénieur au GIS Posidonie
Posté le 3 mars 2020
Bonjour, effectivement la meilleure solution est de télécharger le référentiel dans son ensemble. Les familles et les genres sont disponibles. Concernant l'encodage, il se peut que sous excel cela pose problème d'ouvrir les fichiers directement. Il faut ouvrir une feuille vide et passer par le menu importer et choisir utf8 comme encodage. Je vous invite à prendre contact avec Olivier Gargominy (olivier.gargominy@mnhn.fr ) en charge du référentiel pour plus d'informations. Cordialement, Frédéric VEST