Méthode d’évaluation de l’état de conservation des « Lagunes côtières » d’intérêt communautaire (UE 1150*) – Suivi de la qualité physico-chimique des lagunes : indicateurs I10 « Colonne d’eau », I11 « Contaminants chimiques » et I12 « Sédiments »

La qualité physico-chimique de la colonne d’eau et des sédiments constitue des indicateurs clés retenus pour l’évaluation de l’état de conservation de cet habitat. Ces paramètres abiotiques liés à la physico-chimie sont des variables explicatives importantes dans l’appréciation de l’état de conservation d’un écosystème.
Ce critère est issu du cadre communautaire de la DCE, cependant toutes les lagunes côtières méditerranéennes ne font pas l’objet d’un suivi dans le cadre de cette directive.
Dans le cadre du Life-Marha (dont l’objectif était de rétablir et de maintenir le bon état de conservation des habitats naturels marins dont les lagunes côtières en mobilisant l’ensemble des acteurs impliqués dans la gestion des sites Natura 2000 en mer dans le cadre de la DHFF) des campagnes de suivi des indicateurs « Colonne d’eau », « Contaminants chimiques » et « Sédiments » ont pu être mis en place sous la coordination du Pôle-relais lagunes méditerranéennes entre 2019 et 2025 sur certaines lagunes présentes sur des sites N2000 non suivies dans le cadre de la DCE.

L’objectif de l’indicateur I10 « Colonne d’eau » est de donner une évaluation de la qualité de l’eau des lagunes, qui conditionne en grande partie le développement des biocénoses présentes. Ainsi, les substances dissoutes (azote et phosphore) et en suspension dans l’eau vont constituer des apports nutritifs pour différents organismes.
L’indicateur I12 « Sédiments » permet de caractériser l’intégrité du substrat d’une lagune au travers des mesures de la matière organique, de l’azote et du phosphore contenus dans le sédiment.

NB : Le protocole pour le suivi de ces 2 indicateurs (colonne d’eau et sédiments), appliqué aux lagunes permanentes, est le même que celui mis en place dans le cadre des suivis de la DCE. Il est notamment utilisé pour les sites qui ne sont pas suivis au titre de cette directive (Souchu et al. 2000, Witkowski et al., 2017). Les valeurs seuils de référence servant pour ces indicateurs sont issues de ces protocoles.

L’indicateur I11 « Contaminants chimiques » permet quant à lui d’évaluer l’état chimique d’une lagune vis-à-vis de différents contaminants (métalliques, organiques hydrophiles et hydrophobes). Les mesures ont été réalisées via l’utilisation des techniques d’échantillonnage intégratif et/ou passif (DGT, POCIS, SBSE) sur des points situés dans le champ « moyen » de chaque masse d’eau (afin de capturer un état « général » et pas uniquement les apports d’une source en particulier).

Concernant le suivi de cet étant donné la complexité et le coût élevé du protocole initial, un protocole « simplifié » a été déployé dans le cadre du Life Marha. Ce dernier constitue un compromis efficace entre le protocole de la DCE et celui d’OBSLAG, en s’appuyant sur l’utilisation de trois matrices : SBSE, POCIS, DGT, ainsi que des prélèvements ponctuels d’eau (Rapport PEPS LAG 2013).

Les suivis ont été réalisées :

• dans les lagunes d’Occitanie : par les structures de gestion SMBT, SMCG, CAHM, CABM qui mettent en œuvre l’évaluation de l’EC des lagunes sur 6 sites N2000 (étangs du complexe de Bages-Sigean, La palme, Grande Maïre, Orpellières, Thau, Camargue gardoise) concernant les indicateurs Colonne d’eau et Sédiments ; et sur 4 lagunes du pourtour de Bages-Sigean (en parallèle à la campagne Suchimed menée par l’Ifremer, suivies sur les mêmes mois de campagne) pour les contaminants chimiques

• dans les lagunes de Paca : dans les sites N2000 Camargue et Embouchure de l’Argens

• dans les lagunes de Corse : dans les lagunes de Balistra, Santa Giulia, Pisciu Cane, Arasu, et Crovani